Con l'accordo di Dayton (1995) il Paese ha sancito una nuova e particolarissima forma di unità politico-territoriale: Stato unico diviso in due entità, ciascuna dotata di un proprio Parlamento e governo, l'una croato-musulmana (FCM Federazione croato-musulmana, 51% del territorio), l'altra serba (RS Republika Srpska, 48% circa del territorio), oltre al distretto di Brčko nella Bosnia nordorientale, inizialmente assegnato alla Repubblica serba e diventato autonomo nel 1999 (con larghi margini di autonomia anche economica e fiscale) in seguito a un arbitrato internazionale.

Con gli stessi accordi di Dayton è entrata in vigore la Costituzione, che non è un documento indipendente, ma l’Annesso 4 dell'Accordo.

La Federazione croato-musulmana (FCM) è guidata da un presidente e un vicepresidente alternativamente croato e bosgnacco (musulmano); il potere legislativo spetta al Parlamento, composto da Camera dei rappresentanti (140 membri) e Camera popolare (74 membri). Anche la Repubblica serba (RS) è guidata da un presidente e un vicepresidente, e l'Assemblea nazionale è composta da 140 membri. La presidenza centrale della repubblica è formata da 3 membri, eletti a suffragio universale per due anni, in rappresentanza delle tre etnie (un bosgnacco, un serbo, un croato); presiede per primo quello che ha ottenuto la maggioranza dei voti, poi a rotazione, ogni 8 mesi.

Il Parlamento centrale è formato da due Camere: la Camera dei rappresentanti (42 deputati eletti a suffragio diretto, per due terzi croato-musulmani e per un terzo serbi), con sede a Sarajevo, e la Camera del popolo (5 delegati per ogni etnia), che si riunisce a Lukavica. L'esecutivo centrale è formato da un Consiglio dei ministri, nominato dalla presidenza; alla sua guida vi sono due co-primi ministri (musulmano e serbo), affiancati da un vice primo ministro (croato); anche i ministri del governo rispettano il pari numero per le 3 componenti etniche.

Nel dicembre 1997, in seguito alle pressioni del Consiglio internazionale per il rispetto degli accordi di Dayton, i rappresentanti delle tre etnie hanno firmato un accordo sul passaporto comune bosniaco, sulla cittadinanza e sul funzionamento del Consiglio dei ministri.

Il territorio della Federazione è ripartito in dieci cantoni, ciascuno con propria costituzione e organizzazione amministrativa, divisi a loro volta in 85 municipalità complessive: 22 bosgnacche, 20 croate e 13 miste. La repubblica serba è invece composta di 7 regioni, suddivise in 64 municipalità.

Il sistema giudiziario, in via di adattamento ai parametri europei, non è ancora definitivamente strutturato.

Le forze armate di Bosnia ed Erzegovina vennero unificate in una singola entità nel 2006. Il Ministero della Difesa è stato costituito nel 2004. L'Esercito bosniaco consiste di 10.000 uomini in servizio attivo, più 5.000 riservisti. Dal dicembre 2006, le Forze Armate della Bosnia ed Erzegovina hanno preso parte alle operazioni in Iraq.

Il controllo militare della Bosnia ed Erzegovina, dal 2 dicembre 2004 è passato dalla NATO al presidio dei contingenti dell'UE (EUFOR - Forza di stabilizzazione europea, missione Althea), da una missione di polizia (EUPM) con il compito di assicurare l’ordine.

Con gli accordi di Dayton è stata anche istituita la figura di un “Alto rappresentante della comunità internazionale per la Bosnia ed Erzegovina”, la più alta autorità civile del Paese, incaricato di controllare, monitorare e garantire il processo di stabilizzazione, in particolare per le questioni relative all’Annesso X dell’Accordo di Dayton (Aspetti civili) e investito del potere di imporre provvedimenti legislativi e di rimuovere funzionari pubblici che ostacolino il processo di pacificazione. L’Alto Rappresentante ha anche il compito e il potere di approvare il Ministro delle Finanze, del Commercio Estero, dei Diritti Umani e dei Rifugiati, della Sicurezza e della Giustizia.

L’Alto Rappresentante è nominato dallo Steering Board del Peace Implementation Council (PIC), un organo di 55 Stati ed organizzazioni internazionali (di cui l'Italia è membro permanente) ed è approvato ufficialmente dal Consiglio di sicurezza delle Nazioni Unite.